Mimo trwającej przebudowy Węzła Wodnego Przegalina uruchomiono śluzę południową wchodzącą w skład tego obiektu. Jednostki korzystające ze śluzy przemieszczają się przez teren budowy, jednak prace są prowadzone tak aby w jak najmniejszym stopniu zakłócić żeglugę.

Węzeł wodny Przegalina pełni ważną rolę na międzynarodowej drodze wodnej E40, łącząc Gdańsk (przez Martwą Wisłę) z głównym korytem Wisły. Sezon wiosenno – letni to okres szczególnego nasilenia ruchu żeglugowego, z tego powodu uruchomienie śluzy zostało zaplanowane przed zakończeniem całej przebudowy.

Jedne z pierwszych jednostek, które pokonały śluzę i przepłynęły na Martwą Wisłę. Były to łodzie motorowe Vabank i Calvados II.

Przebudowa węzła wodnego Przegalina jest jednym z zadań realizowanych w ramach dofinansowanego  przez Unię Europejską projektu pt. „Kompleksowe Zabezpieczenie Przeciwpowodziowe Żuław – Etap II – Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej”. W zakres przebudowy wchodzą: rozbiórki i odbudowy oraz remonty istniejących obiektów, tj.: Śluzy Południowej, Śluzy Północnej oraz obiektów towarzyszących. Zaplanowana jest budowa trzech nowych budynków: dwóch magazynowych i jednego socjalno-warsztatowego oraz rozbudowa bazy dla ośmiu lodołamaczy i innych jednostek pływających Wód Polskich.

Głównym celem przebudowy jest zwiększenie bezpieczeństwa przeciwpowodziowego Żuław Gdańskich. Wrota śluzy Przegalina są jednocześnie wrotami przeciwpowodziowymi chroniącymi przed wielkimi wodami Wisły. Ponadto remont przystani dla lodołamaczy usprawni prowadzenie akcji podczas zimowej ochrony przeciwpowodziowej.